La posta elettronica certificata è il nuovo sistema attraverso il quale è possibile inviare email con valore legale equiparato ad una raccomandata con ricevuta di ritorno come stabilito dalla vigente normativa (DPR 11 Febbraio 2005 n.68).
Questo sistema presenta delle forti similitudini con il servizio di posta elettronica "tradizionale", cui però sono state aggiunte delle caratteristiche tali da fornire agli utenti la certezza, a valore legale, dell’invio e della consegna (o meno) dei messaggi e-mail al destinatario.
La Posta Elettronica Certificata ha lo stesso valore legale della raccomandata con la ricevuta di ritorno con attestazione dell'orario esatto di spedizione.
Con il sistema di  Posta Certificata è garantita la certezza del contenuto: i protocolli di sicurezza utilizzati fanno si che non siano possibili modifiche al contenuto del messaggio e agli eventuali allegati.
La Posta Elettronica Certificata, garantisce, in caso di contenzioso, l'opponibilità a terzi del messaggio.

Il termine "certificata" si riferisce al fatto che il gestore del servizio rilascia al mittente una ricevuta che costituisce prova legale dell’avvenuta spedizione del messaggio ed eventuali allegati.
Allo stesso modo, il gestore del destinatario invia al mittente la ricevuta di avvenuta consegna.

I gestori certificano quindi con le proprie "ricevute":
- che il messaggio è stato spedito
- che il messaggio è stato consegnato
- che il messaggio non è stato alterato

In ogni avviso inviato dai gestori e' apposta anche una marca temporale che certifica data ed ora di ognuna delle operazioni descritte.
I gestori inviano ovviamente avvisi anche in caso di errore in una qualsiasi delle fasi del processo (accettazione, invio, consegna) in modo che non ci siano mai dubbi sullo stato della spedizione di un messaggio.
Se il mittente dovesse smarrire le ricevute, la traccia informatica delle operazioni svolte, conservata dal gestore per 30 mesi, consente la riproduzione, con lo stesso valore giuridico, delle ricevute stesse.

I messaggi di posta certificata vengono spediti tra 2 caselle, e quindi Domini, certificati.
Quando il mittente possessore di una casella di PEC invia un messaggio ad un altro utente certificato, il messaggio viene raccolto dal gestore del dominio certificato (punto di accesso) che lo racchiude in una busta di trasporto e vi applica una firma elettronica in modo da garantirne inalterabilità e provenienza.
Fatto questo indirizza il messaggio al gestore di PEC destinatario che verifica la firma e lo consegna al destinatario (punto di consegna).
Una volta consegnato il messaggio il gestore PEC destinatario invia una ricevuta di avvenuta consegna all'utente mittente che può essere quindi certo che il suo messaggio è giunto a destinazione.
Durante la trasmissione di un messaggio attraverso 2 caselle di PEC vengono emesse altre ricevute che hanno lo scopo di garantire e verificare il corretto funzionamento del sistema e di mantenere sempre la transazione in uno stato consistente.

Nello specifico:
Il punto di accesso, dopo aver raccolto il messaggio originale, genera una ricevuta di accettazione che viene inviata al mittente; in questo modo chi invia una mail certificata sa che il proprio messaggio ha iniziato il suo percorso.

Il punto di ricezione, dopo aver raccolto il messaggio di trasporto, genera una ricevuta di presa in carico che viene inviata al gestore mittente; in questo modo il gestore mittente viene a conoscenza che il messaggio è stato preso in custodia da un altro gestore La Posta Certificata sfruttando crittografia e protocolli di sicurezza riesce a fornire agli utenti un servizio sicuro che sostituisce integralmente il tradizionale servizio di posta (elettronica e cartacea), mettendosi inoltre al riparo da spam, abusi e disguidi.